昭和20年代、国民の畜産物に対する需要の高まり、農業分野における畜産部門の比重の増加に伴って、畜産指導の重要性が叫ばれ、官公の事業を補完する民間指導体制の整備強化が求められました。こうした情勢を背景に国では「畜産指導体制の強化に関する措置要綱」を昭和30年10月、農林省で省議決定するに至り、同年12月、全国段階の畜産関係団体を会員とする社団法人中央畜産会が設立されました。
　これに呼応するかたちで都道府県段階においても地方組織の設立がすすめられ、本県においても県内畜産関係団体を会員に、昭和31年２月22日、社団法人兵庫県畜産会が設立されました。
それ以来、県をはじめ会員団体と緊密な連携のもと、畜産経営指導を中心に多岐にわたる事業を通じて兵庫県の畜産の振興と農家経営発展に寄与してまいりました。
　しかしながら、近年の畜産を巡る諸情勢の変容に的確に対応することが求められるなか、畜産振興にとどまらず価格安定対策や経営支援、衛生指導など総合的なサービス提供に資するための機能向上と体質強化を目指すため、県の指導のもとに、平成17年４月１日、社団法人兵庫県畜産会を存続団体として、社団法人兵庫県肉用子牛価格安定基金協会、社団法人兵庫県家畜畜産物衛生指導協会及び社団法人兵庫県ブロイラー価格安定基金協会の４団体を統合し、新しく、社団法人兵庫県畜産協会と名称変更し発足いたしました。
　その後、新公益法人制度の施行に伴い、公益社団法人兵庫県畜産協会として新たに発足いたしました。